El municipio fue erigido el 16 de agosto de 1824 (IPOMEX, 2015), aunque en algunas publicaciones se coloca erróneamente el 7 de mayo de 1890, fecha que corresponde al decreto por el cual se le puso al distrito el nombre de Cuautitlán de Romero Rubio. El 23 de junio de 1973 fue la erección del municipio de Cuautitlán Izcalli, de acuerdo con el decreto número 50, expedido por el Congreso local, situa- ción que afectó la extensión del municipio; en el mismo decreto se establece la creación de los municipios de Cuautitlán, Tepotzotlán y Tultitlán (Fragoso Castañares y Córdoba Barradas, 1999).
De acuerdo al Códice Chimalpopoca o Anales de Cuautitlán, el lugar fue poblado por chichimecas, grupo recolector y cazador. Nopaltzin, Tlotzin y Quinatzin trataron de hacerlos sedentarios, pero es hasta el siglo XIV cuando alcanzan esta condición. Cuando gobernaba Xaltemoctzin el viejo, Cuautitlán estaba organizado en cuatro zonas: la primera estaba constituida por Tequixnáhuac, Tepoxalco y Tzompanco; la segunda, Chalmecapan, Cuauhtlapan y Citlaltépetl; la tercera Nepantla, Tepotzotlán y Huehuetocan; la cuarta por Atempan, Coyotepec y Otlazpan. Estuvieron bajo el dominio de los tepanecas a quienes pagaban tributo. Era una de las siete provincias tributarias de Tlacopan. A la llegada de los españoles gobernaba Aztatzonzin. Posteriormente a la conquista, Cuautitlán fue dada en Encomienda y contó con tres cabeceras y un total de 5,020 tributarios para 1560. Cuautitlán quedó bajo la cristianización de los franciscanos junto con sus sujetos. Construyeron el convento de San Buenaventura y establecieron la cofradía de la Purísima Concepción de Nuestra Señora de Cuautitlán, de la que tenía gran cantidad de adeptos indígenas, pues les ofrecía a sus miembros un entierro indígena y cuidados en hospitales.
La población de Cuautitlán sufrió permanentemente de los arduos y excesivos trabajos que se requirieron para la construcción del Tajo de Nochistongo, proyecto que buscó desalojar el agua de los lagos que inundaban la ciudad de los palacios. En la etapa de la independencia y al crearse el Estado de México, Cuautitlán pasa a formar parte administrativa y políticamente del distrito IV de México. Durante los años en que la lucha liberal y conservadora fue latente, el territorio de Cuautitlán pasó de uno a otro nombre en lo administrativo, conforme al criterio de quien estuviera en el poder. Asimismo, fue cabecera de distrito como partido.